相关施工内容签证不符合约定，但承包人已实际施工的，承包人是否可以主张已施工部分工程款？

可以主张。

参考案例：（ 2020 ）最高法民再 336 号判决书：关于鉴定意见书中未履行盖章程序的签证单所涉的三项费用是否应计入工程款的问题，双方在《建设工程施工合同》中约定，对于包括设计图纸变更、价款变更、工程量增减、工期等直接导致工程价款增加或减少、工期顺延或者提前的签证，除经发包方派驻的工程师签证外必须经发包人加盖印章，方发生效力。对于鉴定意见“不确定部分”中承建单位未按合同要求盖章的签证单，经过佳信公司派驻的工程师金某的签字确认，在佳信公司未提交充分证据证明该部分工程系由其他施工人施工或上述签证系虚假签证的情况下，虽然佳信公司未加盖印章，但无法否定该部分建设工程系由冶金公司施工完成的事实，故从公平角度考虑，应对该部分工程及相应 1383694.68 元工程价款予以认定。