合同无效，合同中的审计费约定是否参照执行？

可以参照执行。

参考案例：（ 2020 ）最高法民终 398 号判决书：江苏建设公司与嘉丽开发公司已约定“如江苏建设公司报送造价金额超过审减额 5% 的部分由江苏建设公司承担该部分审计费”。本案中，江苏建设公司工程报审金额 162875655.42 元，审核后金额 132716459.65 元，核减金额 30159195.77 元，审减率达 18.52% ，远超 162875655.42 元 5% 的 8143782.77 元，二者差额 22015413 元。《建设工程造价咨询合同》约定“效益咨询费按核减额 3% 收取”，嘉丽开发公司就江苏建设公司超过审减率 5% 部分额外支出审计费 660462 元（计算公式为：22015413 元 × 3% ＝ 660462 元）。因此，在双方当事人已有明确约定的情况下，应尊重当事人的意思自治，不宜在无确定依据的情况下自由裁量。一审法院未按照合同约定确定审计费负担缺乏事实依据和法律依据，本院予以纠正。超出审减额的部分审计费 660462 元应全额予以计入已付工程款。