发包人将工程款支付至非指定账户，收款人将款项用于案涉工程的，可以将发包人支付的款项认定为已付工程款吗？

可以。

（ 2020 ）最高法民终 483 号判决书：余某德收取的 15000000 元是否应认定为已付工程款。三建公司上诉提出，三建公司从未委托余某德向凯创公司借款或者领取工程款，合同约定了工程款专户，专款专用，余某德收取的 15000000 元与三建公司无关。经查，余某德向凯创公司收取了 15000000 元，出具了 7 张借条、1 张收条，其上均加盖有三建公司项目部印章。收条载明：“今收到凯创公司陈杨新界项目工程款 5000000 元整，此款汇入余某德建行卡 6217××× ”。凯创公司在借条、收条后均附《月度工程款支付分配核定表》，并备注：“根据余总（余某德）要求和建议本次付款可否直接支付其个人，以减少三建公司扣除管理费和其他费用，以便能全额付给工人，杜绝工人滋事。”余某德 2018 年 8 月 28 日、9 月 27 日在接受西安市公安局经侦支队六大队询问时，陈述三建公司知悉该 15000000 元，并用于支付农民工工资、给供货商付款及支付项目管理人员工资。本院认为，双方合同虽约定了专户，但前述事实表明余某德领取的 15000000 元已实际用于案涉工程，一审判决将该笔款项计入凯创公司已付工程款，无明显不当，本院予以维持。