对于已完工的未竣工工程，发包人擅自使用的，是否可以推定该工程质量合格？

可以。

竣工是指工程完工且通过国家有关单位根据国家验收标准对施工结束后的建筑进行的具有法律效果的验收，并且出具有关法律文书。相反，未竣工就是指工程未能通过国家有关单位根据国家验收标准对施工结束后的建筑进行的具有法律效果的验收。通常，未竣工工程包括两种：一是工程已完工但未能通过国家验收；二是工程未完工。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第十四条规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。

据此，对于已完工的未竣工工程，发包人擅自使用的，应视为发包人对其质量的认可，或者说发包人自愿承担工程质量责任。