公司有义务查证股权的实际持有人是不是股东名册上登记的人吗？

公司没有这个义务。

即便股东名册上的股东不是真正的股东，公司也没有义务查证股权的实际持有人，仅向股东名册上记载的名义股东履行义务即可。

股东名册推定效力的必然后果是，公司只将股东名册上记载的股东视为股东。一旦公司将股东名册上记载的股东认定为股东，那么该人即享有股东所享有的一系列实体权利，即便股东名册上的股东不是真正的股东，也可免除公司的责任。公司也没有义务查证股权的实际持有人，仅向股东名册上记载的名义上的股东履行各种义务即可。