股东出资瑕疵或者股份受让人未支付转让对价的，能否直接说其不具有股东资格？

不能。

股东出资瑕疵或者股份受让人未支付转让对价的，不能以此为由直接否认其股东资格。

确认股东权的归属须综合考虑多种因素，而在有限责任公司，最关键的是公司对股东的承认或认可。有限责任公司作为一种具备人合性质的团体，其对某一公司成员股东身份的承认意味着所有其他股东作为一个整体对该成员股东资格的认可，其他个别成员的异议不能与之对抗。

公司对股东身份承认的形式是股东名册登记或者公司章程的记载。通过出资而成为股东者，其出资瑕疵并不必然导致股东身份的丧失；通过受让股份而成为股东者，其未支付对价也不能成为直接否认其股东资格的理由。对于出资瑕疵者或未支付对价的受让人，其他股东或转让股份的原股东作为权利人可向其主张违约责任；其在合理期限内仍不履行出资义务或支付对价义务的，其他股东或原股东可依法主张解除合同，进而解除出资瑕疵者或未支付对价之受让人的股东身份。