“本合同仅作备案作用，不作为施工结算的依据”是否影响将备案合同作为结算依据？

不影响。

参考案例：（ 2021 ）最高法民申 66 号裁定书：本案中，并无充分证据证明东辉公司存在串标行为，或者该公司在邀标程序中存在导致中标无效的违法行为。因此，二审法院认为 5.10 合同并未因违反强制性法律规定而无效，双方将该合同进行了备案，5.10 合同为有效合同，理据充分，本院予以确认。

而 5.8 合同与经过备案的中标合同 5.10 合同实质性内容不一致，故 5.8 合同因违反《中华人民共和国招标投标法》第四十六条关于“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”的规定而无效。又因《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（法释〔 2004 〕14 号）第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”该规定的适用前提是备案的中标合同为有效合同；承前分析，二审法院以合法有效的 5.10 合同作为案涉工程结算的依据，事实和法律充分，本院予以认可。

而 5.10 合同结尾注明的“本合同仅作备案作用，不作为施工结算的依据”的内容，明显有违《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（法释〔 2004 〕14 号）第二十一条关于维护中标合同的法律效力，规范建筑市场的规则目的。故二审法院认为 5.10 合同的备注内容不影响该合同作为案涉工程的结算依据，事实和法律依据充分，本院予以认可。而中辉公司关于 5.10 合同的备注内容可排除该合同作为结算依据，应以实际履行的 5.8 合同作为结算依据的主张，没有事实和法律依据，本院不予支持。