合同无效，约定结算价款最终核减超过 5% 时超出部分的 10% 应作为罚金从结算价款中扣除，该约定是否可以参照执行？

可以参照执行。

参考案例：（ 2020 ）最高法民申 3989 号裁定书：关于原审判决扣除虚高工程造价差额部分 10% 罚金 1005232.3 元是否正确的问题。案涉《施工合同》中关于施工人报送的竣工结算价经最终核减超过 5% 时超出部分的 10% 应作为罚金从结算总价中扣除的约定，属于合同结算条款，原审判决根据双方履行合同情况，将上述款项作为罚金予以扣除，不违反法律规定。