工程款履行期限届满后，发包人和承包人签订的以房抵款协议是否有效？

原则上有效。

参考案例：《最高人民法院公报》 2017 年第 9 期发布的《通州建总集团有限公司与内蒙古兴华房地产有限责任公司建设工程施工合同纠纷》案裁判摘要：对以物抵债的效力、履行等问题的认识，应以尊重当事人的意思自治为基本原则。一般而言，除当事人有明确约定外，当事人于债务清偿期限届满后签订的以物抵债协议，并不以债权人现实地受领抵债物，或取得抵债物所有权、使用权等财产权利，为成立或生效要件。只要双方当事人的意思表示真实，合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即为有效。