承包人在发包人出具的罚款单上签字但未明确认可的，该罚款能否认定为已付工程款？

不能。

参考案例：（ 2020 ）最高法民终 871 号判决书：关于时代豪庭公司及监理公司对杜班公司罚款 203500 元。罚款单上虽有杜班公司施工人员签字，但并未明确认可罚款数额的意思表示，故不能认定杜班公司同意时代豪庭公司的罚款数额。该 203500 元不能计入已付款。